Мезмайская котловина находится в бассейне реки Курджипс и ее притока р. Мезмай, который впадает в Курджипс в центре котловины. Имеется множество мелких ручьев, родников, часты участки со стоячей водой. Множество рек Лагонакского нагорья относятся к категории малых, так как их длина обычно не превышает 100 километров.
Курджипс, как и другие реки северного склона Большого Кавказа, по своему течению имеет и узкие глубокие ущелья, и расширенные участки, где русло разбивается на рукава и откладываются наносы. В ущельях русло завалено валунами и стволами деревьев. Истоки реки находятся на Лагонакском нагорье. Курджипс - типично горная река с высокой скоростью течения. Он имеет длину 108 километров, левыми его притоками являются Балки Суханова, Плащевая, Чинаревая, а правым - река Мезмай. Курджипс вместе с многочисленными мелкими притоками питается за счёт талых вод ледников и снежников, сезонных атмосферных осадков и за счёт грунтовых вод, имеющих сложную связь с поверхностными водами. Годовой сток неравномерный: максимальный в весеннее время, а также после эпизодических летних ливней. Ледяной покров в зимние месяцы не образуется, но наблюдается шуга и донный лед, возникающие в результате переохлаждения быстро текущих потоков.
Курджипс является крупным левым притоком р.Белой.
В центре котловины, на территории поселка есть небольшое мелкое озеро.
TimeBiology